全基因组重测序（变异位点 遗传进化 基因预测）
全基因组范围内查找个体或群体间DNA水平各种类型的变异，进行遗传进化分析；通过单体型预测，进行全基因组关联分析（GWAS）。
16S/18S/ITS等扩增子测序
利用二代高通量测序技术，对微生物的16S rDNA及ITS高变区域，分析环境中的细菌、古细菌以及真菌的种类组成和构成，揭示环境样品中微生物种类以及它们之间的相对丰度、进化关系，进一步探讨微生物多样性。
基于高通量测序的人/动植物全基因组关联分析
基于芯片的GWAS分析检测的遗传变异绝大多数为MAF>5的SNP（常见变异），常见变异对检测疾病的贡献率较低，而MAF<5的遗传变异对疾病的贡献率较高，对这一部分的遗传变异效应可以通过新一代测序技术(Next Generation Sequencing, NGS)进行检测。